PCR検査は、９９％の高い特異性を持っているということから、新コロの診断に間違いが大変少ないと思われている方が多いようです。高い特異性は、高い感度と共に、PCRの優れた特徴です。
しかし、この９９％の特異性は、PCRの時に用いるプライマーという短い遺伝子とゲノムの結合における特異性という意味です。ゲノム遺伝子の診断における特異性という意味ではありません。プライマーという短い遺伝子は、ゲノム全体の千分の１弱ほどの長さです。プライマー２本合わせてもゲノム全体の７００分の１ほど、増幅するDNAの長さも、全体の３００分の１ほどに過ぎません。それ以外の３００分の２９９については、何の保証もないのです。すなわちPCRが新コロを検出している保証はどこにもないのです。
さらに、問題なのは、同義的置換という遺伝子変異の問題です。遺伝子変異の大部分は、この同義的置換です。プライマーが認識する部位は２本合わせて４０塩基ほどの長さです。アミノ酸配列では、１３アミノ酸をコードする長さです。１アミノ酸あたり３種のコドンがありますから、平均すると３の１３乗＝１５０万ほどの遺伝子レベルの変異体が存在しうることになります。プライマーの結合が９９％の特異性でおこるとすると、遺伝子増幅が起こるのプライマーのセットは、１５０万分の１に過ぎません。
この１５０万分の１の検出効率というPCRの非効率性に何の意味があるのかについて、なかなか気が付きにくいかも知れませんが、普遍的に存在する常在ウイルスを仮想感染症の病原体への演出に使えるのかもしれません。PCRの高い感度と同義的置換の遺伝子変異を組み合わせると、このような使い方が出来るのです。すべての人に存在するウイルスなら、感染症の病原体になり得ませんが、例えば数パーセントの人に存在するウイルスなら、仮想感染症の病原体に演出することは可能です。
仮想感染症の話はあくまで仮説ですが、そういう使い道があることが、マリス博士の「PCRは、感染症の診断に使うな」という名言につながっていると思います。このように９９％の特異性は、一見すると素晴らしい特性ですが、悪用される危険性が高いのです。
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